马格达莱纳河发源于哥伦比亚西南部安第斯山圣阿古斯廷(海拔高度为3327m)附近，河流由南向北在安第斯山脉东、中、科迪勒拉山系之间的山间盆地之中蜿蜒穿行，在博卡斯-德塞尼兹(Bocas De Ceniz)附近注入加勒比海。流域位于北纬1°55′～11°04′，西经72°39′～76°45′，河流全长1612km，流域面积26.2万km2，多年平均流量7000m3/s，年均径流量2208亿m3，年均输沙量1.72亿t。该河流域面积只有哥伦比亚国土面积的23%，但人口却占该国人口的90%，人口密度达90人/km2，是南美洲北部河流流域中人口密度最大的。该河是沟通哥伦比亚内陆同加勒比海的重要航道，通航里程约1200km。

　　马格达莱纳河是南美洲诸大河中水系最简单的一条河。上游从源头至翁达(Honda)，长682km，流域面积5.4万km2，平均坡度0.42‰～62.5‰，较为陡峻，多年平均流量667m3/s，年输沙量0.49亿t，其中河床质占58.6%；翁达至埃尔班科(El Banco)为中游，长551km，流域面积10.2万km2，河道平均坡降为0.22～0.55m/km，多年平均流量2910m3/s，输沙量1.02亿t，其中河床质占13.8%；下游从埃尔班科至入海口，全长379km，流域面积10.6万km2，河道平均坡降0.04～0.26m/km，颇为平缓，多年平均流量6130m3/s，年输沙量为0.36亿t，其中河床质占16.4%。

　　马格达莱纳河左岸主要支流有帕埃斯(Paez)河、萨尔达尼亚(Saldana)河、纳雷(Nare)河、伯科乔(Bircocho)河、瓜塔佩(Guatape)河、奥米塔拉(Omitarra)河、瓜利(Guali)河、拉古尼拉(Lagunilla)河、雷西奥(Recio)河、阿苏夫拉杜(Azufrado)河、伊特(Ite)河、考卡(Cauca)河以及圣豪尔赫(SanJorge)河等。右岸主要支流有：卡夫雷拉(Cabrera)河、波哥大(Bogota)河、内格罗(Negro)河、卡拉雷(Carare)河、索加莫索(Sogamoso)河、莱夫里哈(Lebrija)河、卡奇拉(Cachira)河和塞萨尔(Cesar)河等。

　　考卡河是马格达莱纳河最大的支流，发源于海拔4646m的普拉塞火山西侧，在中、西科迪勒拉山系之间的峡谷地带穿行。位于北纬2°02′～8°32′，西经74°17′～76°45′，全长1350km，流域面积6.3万km2，多年平均流量2200m3/s。内奇(Neche)河是考卡河的主要支流，上游干流名叫麦德林(Medellin)河，中游干流叫波尔塞(Porce)河，该河还有奥韦哈斯(Ovejas)河、格兰德(Grande)河、瓜德鲁佩(Guadelupe)河和腾切(Tenche)河等支流汇入。

流域特征
　　马格达莱纳河干支流沿着东、中、西科迪勒拉山脉之间的峡谷穿行，整个流域属于山地与沿海沉积系统，上游海拔在3000m以上，中游1000～3000m，下游海拔仅为0～200m。

　　该流域属热带气候，降雨量较大，一般为1000～10000mm。上游山区降雨量最大，1～2月降雨量最少，10～11月降雨量最大。全流域的径流深为830mm，平均径流模数为0.026m3/(s·km2)，但上游的径流模数则达到了0.114m3/(s·km2)。干流多年平均流量为7000m3/s，水位年变幅为7m，悬沙浓度0.78kg/m3，输沙量为1.72亿t/a。

　　最近研究表明，从上游至翁达，河道中的泥沙与其输沙能力几乎已到达平衡，翁达以下的中、下游为沙量逐渐增大的沉积区，至埃尔班科市以下，河道沙量最大。

　　马格达莱纳河流域的地形条件和气象条件使其成为拉美水电资源最为丰富的河流之一。制约该河流域水电开发的因素主要有3个：一是在干、支流上缺少合适的建坝坝址，海拔4000m以下均为耕地，建坝将淹没大量良田，从而使建坝投资大增；二是流域内煤、气和石油资源丰富，人们更喜欢兴建火电站；三是生态学家们认为，建坝会影响生态环境。

河流利用
　 尽管马格达莱纳河流域水电资源极为丰富，但由于受各种条件制约，迄今为止被开发的水电资源仍占很少一部分。